Le Département de Recherche Médicale - 2

 

Parasitologie

Groupes et projets

Parasitoses négligées :

  • Diagnostic moléculaire de la Filaire Loa loa
  • Etudes de trois zoonoses négligées : T. gondi, N. caninum, Sarcocystis

 

Résistance aux antipaludiques :

  • Epidémiologie du paludisme et évolution des marqueurs génétiques de la résistance aux antipaludiques dans le sud du Gabon.

 

Biodiversité, Ecologie et Evolution des Parasites :

  • Diversité des Plasmodium circulant chez les primates non humains au Gabon.
  • Diversité et caractérisation des Plasmodium et Trypanosomes hébergés par les populations humaines forestières et isolées du Gabon.
  • Adaptation génomique de Plasmodium falciparum et Plasmodium vivax à l'homme.
  • Analyse des repas de sang des mouches hématophages : évaluation d'une nouvelle méthode d'échantillonnage non invasive des agents infectieux de la faune sauvage

 

L'Unité d'Études des Hémoglobinopathies

Les recherches menées par l'UEH concernent les pathologies liées à une anomalie de l'hémoglobine. Ces anomalies peuvent être soit Quantitatives, on parle de Thalassémie ou Qualitatives comme c'est le cas pour la drépanocytose.

La drépanocytose est une importante cause de décès chez les jeunes enfants en Afrique et a été déclarée comme problème de santé publique par l'Organisation Mondiale de la Santé. Pour une meilleure compréhension de cette maladie et une prise en charge efficace des patients, plusieurs études ont été réalisées par des collaborations entre centres de recherches et centres hospitaliers au sein de la sous-région d'Afrique centrale (Gabon, Congo, Cameroun, République Démocratique du Congo).

L'UEH fonctionne autour de deux composantes :

  • Un laboratoire de diagnostic basé à Libreville, au sein de l'Université des Sciences de la Santé, à la Faculté de Médecine
  • Un laboratoire de génétique moléculaire situé au CIRMF à Franceville pour les investigations en matière d'ADN

Ses objectifs sont le Développement du test systématique de dépistage de la drépanocytose et le Diagnostic génétique des différentes hémopathies présentent au Gabon.

Entomologie & Écologie des vecteurs

L'Unité d'Entomologie Médicale : Ecologie des Systèmes Vectoriels concentre sa recherche sur l'étude des insectes d'intérêt médical dans les zones de forêts tropicales humides de l'Afrique Centrale. L'équipe travaille sur cinq thèmes principaux : L'adaptation des Anopheles, Vecteurs desPlasmodium des grandes singes, Les moustiques comme « bridge vectors, Entomofaune hématophage cavernicole, Systématique et taxonomie des insectes d'intérêt médical en Afrique Centrale.

Projets : 

  • Transmission de Plasmodium simien
  • Entomofaune hématophage cavernicole
  • Inventaire et Taxonomie des insectes hématophages
  • Repas de sang / mouches hématophages

Département Virologie

Virus

L'activité du groupe repose sur une thématique majeure de recherche qui concerne les virus émergents, la caractérisation de nouveaux virus ou de virus connus, tel que le virus Ebola. Cet  axe de recherche s'appuie sur la plateforme de séquençage à haut débit installée au CIRMF pour permettre de rechercher et/ou de caractériser un agent viral.

Émergence des maladies virales

L'objectif majeur des programmes de recherche de cette unité est d'améliorer la connaissance générale des virus présents dans les zones forestières tropicales afin de mieux prévoir le risque d'émergence des nouvelles maladies virales.

Ce programme héberge le Centre Collaborateur OMS pour les arboviroses et Fièvres hémorragiques.

Les objectifs scientifiques visés par les programmes de recherche de cette équipe sont :

  • D'effectuer un inventaire des virus qui sont hébergés par les animaux sauvages (rongeurs, chauves-souris, grands singes et gibier) et domestiques (incluant les animaux d'élevage) susceptibles d'être transmis aux êtres humains.
  • De caractériser le génome des différents virus identifiés, dans l'optique d'évaluer leur pouvoir zoonotique.
  • D'étudier les déterminants (facteurs de risque) de l'infection des animaux sauvages et domestiques par ces virus
  • Comprendre les modalités de transferts de ces virus entre les différents compartiments hôtes

Infections rétrovirales et pathologies associées

Ce groupe s'intéresse à la Recherche de nouveaux variants des HTLV au Gabon et la Caractérisation de nouvelles infections rétrovirales chez les primates non humains du Gabon.

Virus

Activités :

  • Plateforme diagnostic avec séquenceur haut débit (illumina)
  • Recherche

Projets :

  • Etiologies infectieux des carcinomes de l'appareil respiratoire supérieur
  • Exploration des syndromes cliniques (fébrile, respiratoire, diarrhéique ...)
  • Ecologie et évolution des communautés microbiennes chez le nouveau-né

Émergence des maladies virales

L'unité Emergence des maladies virales du Département de Virologie, héberge un Centre Collaborateur OMS pour les Arboviroses et les Fièvres Hémorragiques Virales. 

Les missions 

Le Centre collaborateur OMS pour les arboviroses et les fièvres hémorragiques virales du CIRMF remplit les missions suivantes :

  • Coopérer avec l'OMS dans sa fonction d'Alerte et de Réponse aux épidémies d'Arbovirus et de Fièvres Hémorragiques Virales susceptibles de survenir dans les pays de la sous-région d'Afrique centrale.
  • Soutenir l'OMS dans le diagnostic précoce, l'identification et la caractérisation des infections virales causées par les arbovirus et les virus de la fièvre hémorragique virale en utilisant des techniques de référence telles que la biologie moléculaire, la sérologie et l'isolement du virus.
  • Dans le cadre des réponses aux épidémies d'arbovirus et de fièvres hémorragiques virales menées sous la responsabilité de l'OMS, fournir une assistance à l'OMS en offrant des avis d'experts, du personnel ou du matériel lorsque cela est possible.
  • Informer l'OMS de toute information épidémiologique ou de laboratoire qui serait associée à un risque de transmission internationale d'une maladie grave : arbovirus, fièvres hémorragiques virales ou autre maladie émergente.
  • Fournir un soutien technique aux laboratoires nationaux de la sous-région d'Afrique centrale impliqués dans les enquêtes épidémiologiques et de laboratoire lors des ripostes aux épidémies.
  • Fournir (en quantités limitées) des réactifs et des méthodes de diagnostic aux laboratoires nationaux impliqués dans la surveillance des arbovirus et des fièvres hémorragiques virales.

Pour mener à bien ses missions, le Centre collaborateur OMS pour les arboviroses et les fièvres hémorragiques virales dispose d'infrastructures spécifiques et d'un plateau technique conséquent et de haute technicité.

Des Infrastructures spécifiques

Les arboviroses et les fièvres hémorragiques virales représentent des maladies qui très souvent causées par des virus très pathogènes pour l'Homme et les animaux possédant un potentiel expansif important ou un taux de mortalité élevé. Afin de pouvoir manipuler de tels virus, il est nécessaire de disposer des laboratoires spécifiques.

Le CIRMF possède aujourd'hui un laboratoire de classe P3 qui permet de manipuler les virus dangereux pour l'Homme tels que les arbovirus (chikungunya, dengue, fièvre de la vallée du Rift, zika, fièvre jaune ...) et aussi un laboratoire de très haute sécurité qui permet de manipuler les virus les plus dangereux pour l'Homme tels que les virus responsables de fièvre hémorragique (Ebola, Marburg, fièvre de Crimée-Congo ...).    

Des moyens techniques de haute technicité

Pour assurer ses missions de diagnostic, le centre possède un plateau technique moderne, automatisé, bien équipé et de haute technicité, comprenant trois domaines

1. La sérologie

Le centre possède deux chaines ELISA et un Bioplex 200.

La chaine ELISA dose les immunoglobulines de classe M et de classe G spécifiquement dirigées contre différents virus. Aujourd'hui cette technique est principalement utilisée pour le diagnostic d'une infection tardive post-clinique, c'est-à-dire en période de convalescence, ou pour les enquêtes de séroprévalence au sein de populations à risques.

Le Bioplex 200 (BioradÒ) utilise la technique luminex pour doser et quantifier toute fraction soluble telle que les immunoglobulines ou différentes protéines pour connaitre la charge virale présente dans un liquide biologique.

La sérologie est utilisée au centre aussi bien chez l'Homme que les animaux.

Elle a par exemple été utilisée pour évaluer la circulation des virus de la dengue, la fièvre de la vallée du Rift, de la fièvre West Nile et des fièvres Ebola et Marburg au sein des populations humaines au Gabon.

La sérologie a également été utilisée pour la recherche du réservoir du virus Ebola et la circulation des virus Ebola et Marburg au sein des populations de chauves-souris au Gabon.

2. La biologie moléculaire

Le centre possède un plateau de biologie moléculaire très fourni constitué de :

  • Trois extracteurs d'acides nucléiques (deux EZ1 et un Qiacube, QiagenÒ)
  • Six thermocycleurs (ou machines à PCR)
  • Trois appareils de PCR en temps réel (système pour plaques à 96 puits).
  • Deux chaînes d'électrophorèse
  • Un imageur pour visualiser les fragments amplifiés
  • Un séquenceur utilisant la technique sanger
  • Un séquenceur utilisant le séquençage haut débit (ou next generation sequencing) par la technique illumina. Il s'agit du Miseq.

La biologie moléculaire est actuellement la technique de référence utilisée au centre pour le diagnostic des cas suspects en phase symptomatique.

La PCR en temps réelle est utilisée pour le diagnostic d'une infection précise. Cette technique permet le diagnostic rapide d'une infection.

La PCR dite conventionnelle est utilisée pour amplifier des fragments génomiques non spécifiques d'un virus en particulier mais plutôt d'un genre, d'un groupe ou d'une famille virale. Cette technique est souvent utilisée en complément de la PCR en temps réel pour confirmer, ou pour caractériser rapidement la souche virale impliquée dans un évènement infectieux ou épidémique.

Le séquenceur sanger est utilisé pour séquencer un fragment génomique amplifié par PCR conventionnelle.

Le MiSeq est utilisé quant à lui pour identifier un agent non recherché par PCR ou pour séquencer la totalement du génome d'un virus préalablement mis en évidence par PCR.

En routine, la PCR en temps réelle est utilisée au centre pour le diagnostic de routine des infections virales suivantes :

  • Ebola
  • Marburg
  • Crimée-Congo
  • Lassa
  • Fièvre de la vallée du Rift
  • Fièvre jaune
  • Chikunguya
  • Dengue sérotypes 1, 2, 3 et 4
  • Zika
  • O'nyong nyong
  • West Nile

En routine, la PCR conventionnelle est utilisée au centre pour le diagnostic d'une infection à filovirus, à alphavirus, ou encore à flavivirus.

3. L'isolement viral

Le centre possède des chaines de culture cellulaire permettant l'isolement d'un virus sur lignées cellulaires immortalisées. Cette technique est utilisée pour la confirmation finale d'une infection, pour la caractérisation de la totalité du génome viral ou pour la constitution d'un stock viral qui sera utilisé pour des études ultérieures sur la pathogénicité ou pour fournir les autres centres de recherche en souche de référence.

En routine, le centre réalise la culture sur cellules Véro E6 ou sur cellules C6/36.

Les cellules Véro ont été utilisées pour isoler les virus Ebola, chikunguya et dengue.

Les cellules C6/36 sont plus spécifiquement utilisées pour l'isolement d'arbovirus comme le virus Zika.

Infections rétrovirales et pathologies associées

Projet

  • Recherche de nouveaux variants des HTLV au Gabon
  • Caractérisation de nouvelles infections rétrovirales chez les primates non humains du Gabon

 

Département de Primatologie

Le Centre de Primatologie du C.I.R.M.F. comprend aujourd'hui près de trois cents singes, dont quatre-vingts chimpanzés et trois gorilles.

Afin de respecter la législation internationale qui interdit désormais toute manipulation des grands singes ainsi que la simple détention en captivité confinée, le C.I.R.M.F. s'est engagé dans un projet de réinsertion des chimpanzés et des gorilles dans des sanctuaires ou des réserves spécialement conçues à cet effet, en partenariat avec l'Agence Nationale des Parcs Nationaux, les Autorités gabonaises et plusieurs associations de préservation des animaux.

Ainsi, les trois derniers gorilles qui étaient hébergés au C.I.R.M.F. ont pu être introduits dans la réserve Evegué située dans le Fernand-Vaz, à l'ouest du Gabon, au mois d'août 2013.

Le projet d'introduction des chimpanzés dans de tels environnements est en cours de formalisation.

En conséquence, le centre de primatologie se focalise désormais sur les activités suivantes :

  • Fonctionnement du centre de primatologie, activité vétérinaire et contrôles sanitaires des animaux.
  • Programmes de recherche liés à la pathologie et à la médecine vétérinaire.
  • Mise en quarantaine et contrôles sanitaires des animaux saisis par des Autorités compétentes avant leur replacement dans les sanctuaires ou parcs.

Les Unités Mixtes de Recherche (UMR)

Dans le but d'intégrer le C.I.R.M.F. dans le paysage institutionnel national, plusieurs Unités Mixtes de Recherche (U.M.R.) ont été mises en place.

Ces U.M.R. sont des plateformes scientifiques qui réunissent des chercheurs du C.I.R.M.F. et des personnalités scientifiques appartenant à d'autres Institutions de recherche et de formation, aux compétences différentes mais complémentaires, autour d'un projet de recherche commun.

Ainsi, une U.M.R. édifiée sur la thématique principale du V.I.H. et les maladies associées a été mise en place au sein de la Faculté de Médecine et des Sciences de la Santé d'Owendo.

UMR BIOMED

L'équipe BIOMED fait partie d'une unité mixte de recherche qui regroupe en son sein des chercheurs du CIRMF et ceux du Département de chimie, biochimie de la  Faculté de Médecine, aux compétences complémentaires (Chimie, Biochimie, Biologie moléculaire, Infectiologie,  Médecine,...) et réunis dans un même endroit pour travailler autour d'une thématique commune. Cette UMR a été créée en mars 2013. Elle  focalise ses recherches sur les populations isolées du Gabon et sur les zoonoses parasitaires. La création de cette unité offre deux avantages majeurs. D'une part, elle sert de base transitoire lorsque se déroulent des études à Libreville mais associées à d'autres thématiques, et d'autre part elle permet le rassemblement de compétences différentes autour d'une thématique d'envergure commune, celle des populations isolées du Gabon.

UMR VIH-MIA

La création d'une plateforme commune (Unité Mixte de Recherche : UMR VIH-MIA) entre le Département de Bactério-virologie de la Faculté de Médecine et des Sciences de la Santé (FMSS) et le Centre Interdisciplinaire de Recherche Médicales de Franceville (CIRMF) spécialisée dans le domaine du VIH et des maladies associées a pour ambition de réunir deux institutions aux compétences avérées mais complémentaires autour d'une problématique majeure de santé publique pour le Gabon. Nous mettons à disposition des cliniciens la possibilité de prescrire les charges virales VIH plasmatiques, le diagnostic de l'infection VIH chez les enfants nés de mères séropositives et la recherche des mutations aux antirétroviraux.

Le même type d'analyse est maintenant disponible pour les Hépatites B et C.

UMR BIOMED

L'UMR BIOMED, basée au sein du département de biochimie de la faculté de médecine de Libreville, provient d'un partenariat entre le CIRMF et l'Université des Sciences de la Santé (USS). Cette unité focalise ses recherches sur les populations isolées du Gabon et sur les zoonoses parasitaires. La création de cette unité offre deux avantages majeurs. D'une part, elle sert de base transitoire lorsque se déroulent des études à Libreville mais associées à d'autres thématiques, et d'autre part elle permet le rassemblement de compétences différentes autour d'une thématique d'envergure commune, celle des populations isolées du Gabon.

 

UMR VIH-MIA

La création d'une plateforme commune (Unité Mixte de Recherche : UMR VIH-MIA) entre le Département de Bactério-virologie de la Faculté de Médecine et des Sciences de la Santé (FMSS) et le Centre International de Recherche Médicales de Franceville (CIRMF) spécialisée dans le domaine du VIH et des maladies associées a pour ambition de réunir deux institutions aux compétences avérées mais complémentaires autour d'une problématique majeure de santé publique pour le Gabon. Nous mettons à disposition des cliniciens la possibilité de prescrire les charges virales VIH plasmatiques, le diagnostic de l'infection VIH chez les enfants nés de mères séropositives et la recherche des mutations aux antirétroviraux.

Le même type d'analyse est maintenant disponible pour les Hépatites B et C.

 

Conférences

Journées scientifiques du Centre Pasteur du Cameroun, 2ème édition, 9-11 juillet 2014, Yaoundé, Cameroun. 

Bivigou-Mboumba B, François-Souquière S , Deleplancque L, Sica J, Mouinga-Ondémé A, Njouom R, Rouet F.

Caractérisations sérologique et moléculaire des infections à VHB chez des patients vivants avec le VIH au Gabon. 

(déplacement  effectué par Mr Berthold BIVIGOU-MBOUMBA)

Hepatitis 2015 OMINICS International Medical conference, Los Angeles, CA-91362, USA. 

Bivigou-Mboumba B, François-Souquière S, Deleplancque L, Sica J, Mouinga-Ondémé A, Amougou-Atsama M, Chaix ML, NjouomR, Rouet F.

Features of hepatitis B virus (HBV) infection in patients infected with HIV type-1 (HIV- 1) from Franceville (Gabon): high prevalence of occult infection, HBsAg or DNA prevalence, resistance to lamivudine and genotype diversity.

8ème Conférence International Francophone AFRAVIH, 20-23 mai 2016, Bruxelles, Belgique

Bivigou-Mboumba B, Rouet F, Sica J, Mouinga-Ondémé A, Amougou-Atsama M, Chaix ML, Ndjoyi-Mbiguino A, Njouom R, François-Souquière S.

Profils infectieux et non infectieux de l'hépatite B chez les patients co-infectés par le VIH à Franceville (Gabon) : conséquences sur le diagnostic et le traitement. Poster PV341.

(Déplacement effectué par Mr Berthold BIVIGOU-MBOUMBA)

Soutenance Diplôme

Master 2 de Recherche en Infectiologie Tropicale de Mr Arnaud John Kombe kombe : Epidémiologie moléculaire du virus de l'hépatite C chez les personnes co-infectées par le virus de l'immunodéficience humaine au Gabon.

>> Soutenu à l'Ecole Doctorale Régionale de Franceville, Gabon, le 27 juin 2016.